Вскоре после захвата Тарваста литвины покинули город, решив не оставлять там гарнизон. А. Гваньини, непосредственно участвовавший в штурме замка, дал нелицеприятную оценку их действиям. По словам хрониста, литвины вели себя как татары, опустошив город и не предприняв ничего для восстановления оборонительных укреплений.
В скором времени в Тарваст вернулись московиты и целиком сожгли замок. Им удалось отомстить за эту потерю: осенью 1561 г. они перехватили отряд литвинов, двигавшийся в Пернаву, разбили его и взяли литовских солдат в плен.
Потеря Ревеля летом 1561 г. и его переход под юрисдикцию Швеции, ставшей последним участником Ливонской войны, принудил руководство ВКЛ ускорить реализацию плана более плотного подчинения контролируемой территории Ливонского государства. Роль его непосредственной реализации взял на себя Н. Радзивилл Черный. В августе 1561 г. состоялся его визит в Ригу. Радзивилл изложил предложения своего господаря, включавшие переход Риги и правобережной Ливонии под непосредственный протекторат Сигизмунда Августа.
Был подан список условий, на которых ливонские правящие круги соглашались перейти под власть ВКЛ: сохранение свободы протестантского вероисповедания, подтверждение прежних привилегий и льгот, защита перед возможными обвинениями германского императора в предательстве вассальных обязательств, гарантия назначения на государственные должности представителей местного немецкого населения, ведение войны за полное освобождение оккупированной московитами ливонской территории. Магистр Ордена Г. Кеттлер и рижский архиепископ Вильгельм желали сохранить власть в качестве вассалов Сигизмунда Августа.
Переговоры продолжились в Вильно осенью 1561 г. Ливонцы стремились перейти под протекторат не только ВКЛ, но и Польского королевства. Их не удовлетворяли объемы и эффективность военной помощи. Рада во главе с H. Радзивиллом Черным не желала делиться с поляками выгодами от подчинения Ливонии. Польский сейм, в свою очередь, занял индифферентную позицию по отношению к ливонскому вопросу, призывая Сигизмунда Августа обратиться к внутренним проблемам. На некоторое время переговоры в Вильно повисли в воздухе. Учитывая угрозу нанесения московитами новых ударов по Ливонии, компромисс был найден. В заключенном 28 ноября 1561 г. договоре (в историю он вошел под названием Pacta Subiectionis) Ливония переходила под персональную юрисдикцию (протекторат) Сигизмунда Августа как правителя Польши и Литвы. Рижские послы отказались ставить свои подписи, мотивируя это недостатком полномочий и необходимостью согласования с высшим руководством города.
Договор 28 ноября 1561 г. предусматривал ликвидацию Ливонского государства в его старом виде и создание на его территории новых государственных структур, подчиненных польско-литовскому господарю. На левобережной части Ливонии было создано Курляндское герцогство во главе с новоиспеченным герцогом Г. Кеттлером. На правом берегу Западной Двины образовывалось Задвинское герцогство, формально принадлежащее Сигизмунду Августу как верховному правителю. Властные полномочия здесь также получил Г. Кеттлер. Статьи договора включали основные просьбы ливонцев. К ним добавились: право чеканить собственную монету, номинал которой не отличался от литовского гроша, придание автономного статуса судебным органам, освобождение от налогов на неопределенный срок в связи с военными опустошениями, запрет торговли для евреев.
Таким образом, ливонцы сохранили полную самостоятельность во внутриполитических делах. Ливония фактически получила статус «государства в государстве». Благодаря гарнизонам ВКЛ контролировало ситуацию в Ливонии. Сигизмунд Август не мог пойти на реальное присоединение (инкорпорацию) ливонской территории к ВКЛ из-за нежелания портить отношения со Священной Римской империей германской нации, чьим вассалом номинально считалась Ливония. Важным было также позитивное отношение к ливонской политике ВКЛ со стороны европейского общественного мнения. В компромиссном характере решения «ливонской проблемы» хорошо видно использование методов, свойственных политической деятельности Сигизмунда Августа, не очень любившего обращаться к военным средствам. Стоит при этом отметить, что вскоре — в 1566 г. — Ливония все-таки была присоединена к ВКЛ, перестав пользоваться широкой внутриполитической автономией.
Заключение договора 1561 г. было очевидным успехом политики ВКЛ, однако он не был полным из-за уклонения рижан от его подписания. Рига связывала двинский путь с Балтийским морем. Это обуславливало важное стратегическое значение города. Развитая портовая инфраструктура создавала отличные возможности для торговли с Европой. Установление контроля над городом было одной из главных задач для руководства как ВКЛ, так и Московского государства. В дальнейшем в ответ на миролюбивые предложение литвинов московиты требовали передачи им именно Риги.
Выражая в 1561 г. лояльность господарю ВКЛ, Рига соглашалась только на сотрудничество в военной сфере. Однако литовский гарнизон там так и не был размещен. Город оставался независимым вплоть до 1581 г. Правда, во внешних сношениях его самостоятельность была номинальной. Литвины установили контроль за выходом рижских кораблей в Балтийское море через выкуп Дюнамунда, расположенного в самом устье Западной Двины.
Сохранение самостоятельности Риги и широкая внутриполитическая автономия, предоставленная Ливонии, вызвали у Н. Радзивилла Черного разочарование и неудовлетворенность результатами ливонской политики ВКЛ. «Молотьба сена» — так он характеризовал в конце 1562 г. свою деятельность в Ливонии.